在普洱茶饺子的过程中，细菌数量很少，没有发现致病菌。这是各种微生物之间拮抗作用的结果。如酵母菌和霉菌的繁殖，可抑制细菌的生长。
同时，国内外研究表明，茶叶中的茶多酚还可以抑制人体或动物体内病原菌的生长繁殖。在普洱茶饺子的过程中，除上述几种微生物外，还有少量和微量的未检出微生物。普洱茶饺子生产过程中主要微生物生长变化与品质关系的研究结果表明，普洱茶生产过程中微生物菌株极为复杂。从不同处理的对比分析可知，黑曲霉一直处于优势地位，酵母菌总数较少，细菌数量极少，没有发现致病菌。在普洱茶饺子的过程中，这些微生物对普洱茶的质量都有影响。一些微生物从始至终在普洱茶质量的形成中发挥着重要作用。
在普洱茶加工的某些阶段，一些微生物在形成独特的普洱茶形式中起作用。有些微生物不利于普洱茶质量的形成。因此，在普洱茶原料加工过程中，研究普洱茶质量形成的水热条件，分析普洱茶过程中微生物的生理特征为核心内容揭示普洱茶质量的形成机理。
微生物的生命活动和代谢物是普洱茶形成的重要因素。在堆放过程中，由于受热和潮湿的影响，为微生物的活动和代谢创造了有利的条件，同时也为化学成分的变化提供了热源的茶，并增强酶的活性。由于霉菌可以利用多种多糖作为糖源代谢的碳源，产生大量的多糖和单糖，为酵母菌的快速繁殖提供足够的营养，大量的酵母菌和霉菌繁殖，抑制细菌的生长。同时，这些微生物分泌的酶经历了茶叶成分的各种转化。可以看出，普洱茶的香甜，醇厚，活泼，浓郁的品质特征与普洱茶种植园中黑曲霉和酵母的主从优势密切相关。